La Comisión Nacional del Agua a lo largo de su historia ha estado integrada por destacados profesionales y especialistas de diversas disciplinas, reconocidos internacionalmente por su dedicación y capacidad técnica.
Dentro de las instituciones que le antecedieron destacan la Dirección de Aguas, Tierras y Colonización creada en 1917; la Comisión Nacional de Irrigación, en 1926; la Secretaría de Recursos Hidráulicos en 1946 y la Secretaría de Agricultura y Recursos Hidráulicos en 1976.
Actualmente, la misión de la Comisión Nacional del Agua consiste en administrar y preservar las aguas nacionales, con la participación de la sociedad, para lograr el uso sustentable del recurso.
Para cumplir con su propósito esencial, la Comisión se divide operativamente en tres grandes áreas:
1. Oficinas Centrales.
2. Organismos de Cuenca.
3. Direcciones Locales.
La sede de Oficinas Centrales está en la ciudad de México y dentro de sus acciones principales se encuentra el establecer la política de recaudación y fiscalización en materia de derechos de agua y permisos de descargas, coordina las modificaciones que se requieran a la Ley de Aguas Nacionales y apoya su aplicación en el país, elabora las normas en materia hidráulica y opera el servicio meteorológico nacional.